La funzione epatica del corpo umano

La funzione epatica del corpo umano

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  1. Figura 1. La diversità del microbioma umano è concorde tra le misure, uniche per ogni individuo, e fortemente determinati da habitat microbica.
  • Figura 2. Trasporto di taxa microbica varia mentre vie metaboliche rimangono stabili all’interno di una popolazione sana.
  • Figura 3. taxa abbondante nel microbioma umano che sono stati metagenomically e tassonomicamente ben definito nella popolazione HMP.

    Metagenomiche legge da 127 campioni di lingua che misurano 90 soggetti sono stati trattati con MetaPhlAn per determinare le abbondanze relative per ciascuna specie. un. abbondanze relative di 11 distinti Streptococco spp. Oltre alla variazione di cladi più ampi (vedi Fig. 2), singole specie all’interno di un singolo habitat dimostrano una vasta gamma di variazione composizionale. Inserto illustra la composizione media del campione lingua. B. I moduli metabolici presente / assente (grigio / bianco) in KEGG 24 genomi di riferimento della lingua streptococchi denotano aree selezionate della differenziazione funzionale specifico per ceppo. CPNT, componente. c. Comparativa di copertura genomica per il singolo Streptococcus mitis ceppo B6. puntini grigi sono mediana legge per kilobase per milione legge (RPKM) per le finestre 1-kb, barre grigie sono 25 al 75 ° percentile in tutti i campioni, linea rossa la media lowess-levigata. Le barre rosse al momento clou fondo predetto isole genomiche 27. Grandi, discrete e altamente variabili isole sono rappresentate sotto-comunemente. d. Due isole sono evidenziati, V (V-tipo subunità H + ATPasi I, K, E, C, F, A e B) e CH (proteine ​​colina-binding cbp6 e cbp12), che indica la coesione funzionale di perdita specifico gene-deformazione all’interno singoli host umani.

  • Figura 5. appartenenza alla comunità microbica e la funzione correla con fenotipo host e metadati del campione.

    Figura 2: Trasporto di taxa microbica varia mentre vie metaboliche rimangono stabili all’interno di una popolazione sana.

    Figura 3: taxa abbondante nel microbioma umano che sono stati metagenomically e tassonomicamente ben definito nella popolazione HMP.

    Figura 4: trasporto microbica varia tra i soggetti fino alle specie e livello di deformazione.

    Metagenomiche legge da 127 campioni di lingua che misurano 90 soggetti sono stati trattati con MetaPhlAn per determinare le abbondanze relative per ciascuna specie. un. abbondanze relative di 11 distinti Streptococco spp. Oltre alla variazione di cladi più ampi (vedi Fig. 2), singole specie all’interno di un singolo habitat dimostrano una vasta gamma di variazione composizionale. Inserto illustra la composizione media del campione lingua. B. I moduli metabolici presente / assente (grigio / bianco) in KEGG 24 genomi di riferimento della lingua streptococchi denotano aree selezionate della differenziazione funzionale specifico per ceppo. CPNT, componente. c. Comparativa di copertura genomica per il singolo Streptococcus mitis ceppo B6. puntini grigi sono mediana legge per kilobase per milione legge (RPKM) per le finestre 1-kb, barre grigie sono 25 al 75 ° percentile in tutti i campioni, linea rossa la media lowess-levigata. Le barre rosse al momento clou fondo predetto isole genomiche 27. Grandi, discrete e altamente variabili isole sono rappresentate sotto-comunemente. d. Due isole sono evidenziati, V (V-tipo subunità H + ATPasi I, K, E, C, F, A e B) e CH (proteine ​​colina-binding cbp6 e cbp12), che indica la coesione funzionale di perdita specifico gene-deformazione all’interno singoli host umani.

    Altri esempi di funzionalmente rilevante variabilità inter-individuale nei livelli di specie e di deformazione si sono verificati in tutto il microbioma. Nell’intestino, Bacteroides fragilis ha dimostrato di risposte delle cellule T prime in modelli animali attraverso il polisaccaride capsulare A 18. e nei campioni di feci HMP questo taxon è stata effettuata ad un livello di almeno 0,1% nel 16% dei campioni (oltre 1% abbondanza in 3% ). Bacteroides thetaiotaomicron è stato studiato per il suo effetto sul metabolismo gastrointestinale serie 19 ed era altrettanto comune al 46% di prevalenza. Nella pelle, S. aureus. di particolare interesse come causa di meticillina-resistenti S. aureus infezioni (MRSA), ha avuto il 29% nasali e il 4% i tassi di trasporto della pelle, più o meno come ci si aspettava 20. Chiudere parenti filogenetici come Staphylococcus epidermidis (Si considerano commensal) sono, invece, universale sulla pelle e presente nel 93% dei campioni narici, e all’estremo opposto Pseudomonas aeruginosa (Un rappresentante Gram-negativi pelle patogeno) era completamente assente da entrambi gli habitat del corpo (0% a questo livello di rilevamento). Questi ed i dati di cui sopra suggeriscono che il modello trasporto di alcune specie nel microbiome umano può essere analogo a tratti genetici, dove alleli recessivi di modesto rischio sono mantenute in una popolazione. Nel caso del microbiome umana, patogeni ad alto rischio rimangano assente, mentre le specie che presentano un modesto grado di rischio sembrano essere stabilmente mantenuto in questa nicchia ecologica.

    Come il primo studio per includere sia gene marcatore e dati metagenomic attraverso habitat del corpo da una grande popolazione umana, abbiamo inoltre valutato l’ecologia del metabolismo microbico e percorsi funzionali in queste comunità. Abbiamo ricostruito le abbondanze relative di percorsi in metagenomi comunità 22. che erano molto più costante e uniforme diversificata rispetto erano abbondanze organismal (Fig. 2b. Vedi anche Fig. 1), confermando questo come una proprietà ecologica di tutto il microbioma umano 2. Allo stesso modo sono stati in grado di determinare per la prima volta che tassonomica e funzionale alfa diversità tra le comunità microbiche significativamente correlata (Spearman di Simpson inverse R = 0.60, P = 3.6     10 67. n = 661), quest’ultimo entro una gamma più proscritti di configurazioni comunità (Fig complementare. 5).

    famiglie di proteine ​​hanno mostrato diversità e prevalenza tendenze simili a quelle di percorsi completi, che vanno dai massimi di soli

    Figura 5: appartenenza alla comunità microbica e la funzione correla con fenotipo host e metadati del campione.

    • Astratto •
    • introduzione •
    • la diversità microbica degli esseri umani sani •
    • Trasporto di microbi specifici •
    • il metabolismo e la funzione Microbiome •
    • Le correlazioni con fenotipo ospite •
    • Conclusioni •
    • metodi •
    • Riferimenti •
    • Ringraziamenti •
    • Informazioni sull’autore •
    • Informazione supplementare •
    • Commenti
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                                            autori primari

                                            Questi autori hanno contribuito ugualmente a questo lavoro.

                                            Genetica e Biologia Molecolare Branch, Human Genome Istituto Nazionale di Ricerca, Bethesda, Maryland 20892, USA.

                                            consorzi

                                            Il Consorzio progetto microbioma umano

                                            • Curtis Huttenhower,
                                            • Dirk Gevers,
                                            • Rob Knight,
                                            • Sahar Abubucker,
                                            • Jonathan H. Badger,
                                            • Asif T. Chinwalla,
                                            • Heather H. Creasy,
                                            • Ashlee M. Conte,
                                            • Michael G. FitzGerald,
                                            • Robert S. Fulton,
                                            • Michelle G. Giglio,
                                            • Kymberlie Hallsworth-Pepin,
                                            • Elizabeth A. Lobos,
                                            • Ramana Madupu,
                                            • Vincent Magrini,
                                            • John C. Martin,
                                            • Makedonka Mitreva,
                                            • Donna M. Muzny,
                                            • Erica J. Sodergren,
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                                            • Jennifer R. Wortman,
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                                            • Lisa Begg,
                                            • Tsegahiwot Belachew,
                                            • Veena Bhonagiri,
                                            • Monika Bihan,
                                            • Martin J. Blaser,
                                            • Toby Bloom,
                                            • Vivien Bonazzi,
                                            • J. Paul Brooks,
                                            • Gregory A. Buck,
                                            • Christian J. Buhay,
                                            • Dana A. Busam,
                                            • Joseph L. Campbell,
                                            • Shane R. Canon,
                                            • Brandi L. Cantarel,
                                            • Patrick S. G. Catena,
                                            • I-Min A. Chen,
                                            • Lei Chen,
                                            • Shaila Chhibba,
                                            • Ken Chu,
                                            • Alba M. Ciulla,
                                            • Jose C. Clemente,
                                            • Sandra W. Clifton,
                                            • Sean Conlan,
                                            • Jonathan Crabtree,
                                            • Mary A. taglio,
                                            • Noam J. Davidovics,
                                            • Catherine C. Davis,
                                            • Todd Z. DeSantis,
                                            • Carolyn Deal,
                                            • Kimberley D. Delehaunty,
                                            • Floyd E. Dewhirst,
                                            • Elena Deych,
                                            • Yan Ding,
                                            • David J. Dooling,
                                            • Shannon P. Dugan,
                                            • Wm Michael Dunne,
                                            • A. Scott Durkin,
                                            • Robert C. Edgar,
                                            • Rachel L. Erlich,
                                            • Candace N. Farmer,
                                            • Ruth M. Farrell,
                                            • Karoline Faust,
                                            • Michael Feldgarden,
                                            • Victor M. Felix,
                                            • Sheila Fisher,
                                            • Anthony A. Fodor,
                                            • Larry J. Forney,
                                            • Leslie Foster,
                                            • Valentina Di Francesco,
                                            • Jonathan Friedman,
                                            • Dennis C. Friedrich,
                                            • Catrina C. Fronick,
                                            • Lucinda L. Fulton,
                                            • Hongyu Gao,
                                            • Nathalia Garcia,
                                            • Georgia Giannoukos,
                                            • Christina Giblin,
                                            • Maria Y. Giovanni,
                                            • Jonathan M. Goldberg,
                                            • Johannes Goll,
                                            • Antonio Gonzalez,
                                            • Allison Griggs,
                                            • Sharvari Gujja,
                                            • Susan Kinder Haake,
                                            • Brian J. Haas,
                                            • Holli A. Hamilton,
                                            • Emily L. Harris,
                                            • Theresa A. Hepburn,
                                            • Brandi Herter,
                                            • Diane E. Hoffmann,
                                            • Michael E. Holder,
                                            • Clinton Howarth,
                                            • Katherine H. Huang,
                                            • Susan M. Huse,
                                            • Jacques Izard,
                                            • Janet K. Jansson,
                                            • Huaiyang Jiang,
                                            • Catherine Jordan,
                                            • Vandita Joshi,
                                            • James A. Katancik,
                                            • Wendy A. Keitel,
                                            • Scott T. Kelley,
                                            • Cristyn Kells,
                                            • Nicholas B. King,
                                            • Dan Cavalieri,
                                            • Heidi H. Kong,
                                            • Omry Koren,
                                            • Sergey Koren,
                                            • Karthik C. Kota,
                                            • Christie L. Kovar,
                                            • Nikos C. Kyrpides,
                                            • Patricio S. La Rosa,
                                            • Sandra L. Lee,
                                            • Katherine P. Limone,
                                            • Niall Lennon,
                                            • Cecil M. Lewis,
                                            • Lora Lewis,
                                            • Ruth E. Ley,
                                            • Kelvin Li,
                                            • Konstantinos Liolios,
                                            • Bo Liu,
                                            • Yue Liu,
                                            • Chien-Chi Lo,
                                            • Catherine A. Lozupone,
                                            • R. Dwayne Lunsford,
                                            • Tessa Madden,
                                            • Anup A. Mahurkar,
                                            • Peter J. Mannon,
                                            • Elaine R. Mardis,
                                            • Victor M. Markowitz,
                                            • Konstantinos Mavromatis,
                                            • Jamison M. McCorrison,
                                            • Daniel McDonald,
                                            • Jean McEwen,
                                            • Amy L. McGuire,
                                            • Pamela McInnes,
                                            • Teena Mehta,
                                            • Kathie A. Mihindukulasuriya,
                                            • Jason R. Miller,
                                            • Patrick J. Minx,
                                            • Irene Newsham,
                                            • Chad Nusbaum,
                                            • Michelle OLaughlin,
                                            • Joshua Orvis,
                                            • Ioanna Pagani,
                                            • Krishna Palaniappan,
                                            • Shital M. Patel,
                                            • Matthew Pearson,
                                            • Jane Peterson,
                                            • Mircea Podar,
                                            • Craig Pohl,
                                            • Katherine S. Pollard,
                                            • Mihai Pop,
                                            • Margaret E. Priest,
                                            • Lita M. Proctor,
                                            • Xiang Qin,
                                            • Jeroen Raes,
                                            • Jacques Ravel,
                                            • Jeffrey G. Reid,
                                            • Mina Rho,
                                            • Rosamond Rodi,
                                            • Kevin P. Riehle,
                                            • Maria C. Rivera,
                                            • Beltran Rodriguez-Mueller,
                                            • Yu-Hui Rogers,
                                            • Matthew C. Ross,
                                            • Carsten Russ,
                                            • Ravi K. Sanka,
                                            • Pamela Sankar,
                                            • J. Fah Sathirapongsasuti,
                                            • Jeffery A. Schloss,
                                            • Patrick D. Schloss,
                                            • Thomas M. Schmidt,
                                            • Matthew Scholz,
                                            • Lynn Schriml,
                                            • Alyxandria M. Schubert,
                                            • Nicola Segata,
                                            • Julia A. Segre,
                                            • William D. Shannon,
                                            • Richard R. Sharp,
                                            • Thomas J. Sharpton,
                                            • Narmada Shenoy,
                                            • Nihar U. Sheth,
                                            • Gina A. Simone,
                                            • Indresh Singh,
                                            • Christopher S. Smillie,
                                            • Jack D. Sobel,
                                            • Daniel D. Sommer,
                                            • Paul Spicer,
                                            • Granger G. Sutton,
                                            • Sean M. Sykes,
                                            • Diana G. Tabbaa,
                                            • Mathangi Thiagarajan,
                                            • Chad M. Tomlinson,
                                            • Manolito Torralba,
                                            • Todd J. Treangen,
                                            • Rebecca M. Truty,
                                            • Tatiana A. Vishnivetskaya,
                                            • Jason Walker,
                                            • Lu Wang,
                                            • Zhengyuan Wang,
                                            • Doyle V. Ward,
                                            • Wesley Warren,
                                            • Mark A. Watson,
                                            • Christopher Wellington,
                                            • Kris A. Wetterstrand,
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                                            • Katarzyna Wilczek-Boney,
                                            • Yuanqing Wu,
                                            • Kristine M. Wylie,
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                                            • Owen Bianco
                                          • contributi

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                                            Gli autori dichiarano interessi finanziari concorrenti.

                                            autore Corrispondente

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                                            Klaus J. Seelig ha detto:

                                            E qui nella nostra parte ricca del mondo. Sono le persone in buona salute se avessero sufficiente di mass-prodotti a basso costo prodotti non dichiarati per il tipo di foraggio utilizzato a causa del prezzo previsto? I fatti sono chiari: Alcuni sono contento che possono produrre a basso costo in massa che viene consumato, nonostante l’evidenza del 30% degli animali pulcini che muoiono prima della macellazione aggiornato immaginato di meno di 3/4 di un anno senza aver visto l’erba o sole. Ma la carne è ok con gli additivi piccanti e zuccherate,

                                            2012/11/22 10:13

                                            Jeolinea Henryna ha detto:

                                            sintesi del redattore

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                                            • King Fahd University of Petroleum & minerali
                                            • IDG / McGovern Institute for Brain Research all’Università di Pechino
                                              • L’Innovation Center collaborazione per la diagnosi e cura delle malattie infettive (CCID)
                                              • eventi scientifici

                                                Elenco NatureEvents

                                                14 Ago 2016 — 17 ago 2016

                                                2300 Mt Werner Cir, CO, Stati Uniti

                                                Istituto di Scienze Farmaceutiche, Vladimir-Prolog-Weg 1-5 / 10, Zurigo, Svizzera

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