Miglioramento della tecnica di biopsia liquida …

Miglioramento della tecnica di biopsia liquida ...

I ricercatori della Stanford University School of Medicine hanno ideato un modo per aumentare significativamente la sensibilità di una tecnica per identificare e sequenza di DNA da cellule tumorali circolanti nel sangue di una persona.

La speranza è che tale "biopsie liquidi" campioni di sangue di facilmente ottenuti potrebbero un giorno sostituire la necessità di ottenere chirurgicamente tessuto tumorale per lo studio.

"Ora possiamo rilevare ancora più sensibile la presenza di mutazioni specifiche nel DNA cancro che potrebbe contribuire scelte di trattamento di azionamento o rilevare la presenza di tumore residuo," ha detto Massimiliano Diehn, MD, PhD, un assistente professore di oncologia di radiazione e la Facoltà Scholar CRK. "Ci stiamo avvicinando a ridurre notevolmente la necessità di biopsie invasive per identificare mutazioni tumorali o monitorare la risposta alle terapie."

Diehn e Ash Alizadeh, MD, PhD, assistente professore di oncologia, condividono la paternità di un articolo che descrive la tecnica avanzata. Sarà pubblicato online il 28 marzo a Biotecnologie natura. Istruttore Aaron Newman, PhD, e gli ex studiosi post-dottorato Alexander Lovejoy, PhD, e Daniel Klass, PhD, sono autori di co-lead della ricerca.

messaggi genetici in una bottiglia

Anche in assenza di trattamento, le cellule tumorali sono continuamente dividono e muoiono. Come muoiono, rilasciano il DNA nel sangue, come piccoli messaggi genetici in una bottiglia. Imparare a leggere questi messaggi – e di scegliere quella di 1.000 a 1 milione che provengono da una cellula tumorale – può consentire ai medici di monitorare in modo rapido e non invasivo la presenza e il volume di un tumore, la risposta di un paziente alla terapia e anche come le mutazioni tumorali evolvono nel tempo a fronte di trattamento o di altre pressioni selettive.

I ricercatori hanno bisogno di un modo per determinare se le mutazioni identificate nel corso del processo di sequenziazione venuto dal tumore o sono stati introdotti durante il processo di sequenza. Hanno sviluppato un modo per etichettare molecole a doppia elica del DNA in circolo nel sangue con "codici a barre" che segnano in modo univoco ogni molecola originale. Poiché i fili di una molecola di DNA individuo si uniscono come una cerniera, è possibile prevedere la sequenza di un filo dalla sequenza dell’altro. I codici a barre ha permesso quindi ai ricercatori di abbinare i due filoni e cercare le discrepanze. Inoltre, il loro approccio è stato progettato per minimizzare il numero di molecole che vengono persi durante bar-codifica e trattamento del campione, che è particolarmente importante quando si analizzano le piccole quantità di DNA circolante presente nella maggior parte dei pazienti affetti da cancro.

‘Un significativo passo in avanti’

"La nostra tecnica è un progresso significativo rispetto precedenti metodi di codificazione a barre perché elimina più falsi positivi senza sacrificare veri positivi" detto Alizadeh. "Con codifica molecole di DNA in cima alla catena alimentare, per così dire, possiamo tenere traccia di quali molecole sono state riprodotte fedelmente durante il processo di sequenziazione e che hanno accumulato errori che non erano presenti nel tumore o sangue di un paziente."

Hanno poi combinati l’approccio codifica a barre con un altro approccio che definivano "sfondo lucidatura." "Abbiamo scoperto che alcuni tipi di errori di sequenziamento sono molto più probabile che si verificano in luoghi specifici nelle nostre molecole di DNA, anche in soggetti sani," ha detto Newman. Ha progettato un algoritmo informatico per eseguire la scansione dei dati e la bandiera possibili focolai di crisi per ulteriori analisi. Insieme, la tecnica di codifica a barre e lucidatura molecolare ha permesso loro di filtrare gli errori comuni di sequenziamento di gran lunga più efficiente rispetto sia tecnica da sola.

Il lavoro del team è un esempio di attenzione di Stanford Medicina sulla salute di precisione, il cui obiettivo è quello di anticipare e prevenire le malattie in buona salute e con precisione diagnosticare e curare le malattie nel malato.

  1. Aaron M Newman, Alexander F Lovejoy, Daniel M Klass, David M Kurtz, Jacob J Chabon, Florian Scherer, Henning Stehr, Chih lungo Liu, Scott V Bratman, Carmen Di ‘, Li Zhou, Justin N Carter, Robert B West, George W. Sledge Jr, Joseph B Shrager, Billy W Loo, Joel W Neal, Heather A Wakelee, Massimiliano Diehn, Ash A Alizadeh. soppressione errore digitale integrata per una migliore rilevazione del DNA tumorale circolante. Biotecnologie natura. 2016; DOI: 10.1038 / nbt.3520

Stanford University Medical Center. "tecnica migliorata ‘biopsia liquida’ migliora il rilevamento del DNA tumorale nel sangue." ScienceDaily. ScienceDaily, 28 marzo 2016. lt; www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160328114624.htmgt ;.

Stanford University Medical Center. (2016, 28 marzo),. tecnica migliorata ‘biopsia liquida’ migliora il rilevamento del DNA tumorale nel sangue. ScienceDaily. Estratto 6 settembre 2016 da www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160328114624.htm

Stanford University Medical Center. "tecnica migliorata ‘biopsia liquida’ migliora il rilevamento del DNA tumorale nel sangue." ScienceDaily. www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160328114624.htm (accessibile 6 Settembre, 2016).

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